Può dipendere da come hai effettuato il backup (domanda stupida: hai fatto anche il backup degli oggetti?) o da come stai effettuando il ripristino (domanda: non è che stai facendo il restore su un database che contiene già gli oggetti?).
In genere questo comportamento lo da quando trova che il db non è esattamente vuoto, qualcosa è stato fatto (oggetti importati o dati nelle tabelle comuni già presenti).
Hai creato il db vuoto da navision su SQL e, senza fare alcuna altra operazione (modificare ruoli/permessi, aggiungere utenti, ecc) hai provato il ripristino?